Základným cieľom zriadenia Sociálnej implementačnej agentúry je implementácia Operačného programu Zamestnanosť a sociálna inklúzia v súlade s právomocami delegovanými ministerstvom ako riadiacim orgánom pre tento operačný program, programovými dokumentmi v jeho pôsobnosti a zásadami finančného riadenia štrukturálnych fondov.
SIA zabezpečuje implementáciu aktivít jednotlivých opatrení v rámci operačných programov, ktoré sa budú realizovať na základe zmluvy o spolupráci medzi príslušnými riadiacimi orgánmi a ministerstvom resp. v súlade so splnomocneniami o delegovaní právomocí z riadiaceho orgánu (ďalej len „RO“) na sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom (ďalej len „SORO“). V súlade s nariadením Rady (ES) č. 1083/2006 a v súlade so zákonom č. 503/2001 Z. z. o podpore regionálneho rozvoja v znení neskorších predpisov je RO zodpovedný za riadenie a vykonávanie operačného programu v súlade so zásadou riadneho finančného riadenia.
Predmetom činnosti SIA je najmä.
SIA sa ďalej spolupodieľa na tvorbe rozvojových projektov v nadväznosti na Národný strategický referenčný rámec 2007 – 2013 a operačné programy. SIA vykonáva činnosti na úrovni multilaterálnej, bilaterálnej, štátnej, regionálnej a miestnej.
SIA poskytuje súčinnosť pri tvorbe národnej a regionálnej politiky a štrukturálnych nástrojov a súvisiacich strategických materiálov.